Dalam rangka mewujudkan peserta didik yang unggul baik secara lokal maupun global, MAN Insan Cendekia membuat beberapa program sebagai penunjang pembelajaran di dalam kelas yaitu:
1. Peningkatan Mutu Akademik
Dalam rangka penguatan konsep dasar penguasaan IPTEK (basic knowledge of science and technology), Riset dan kemampuan berbahasa peserta didik, perlu diadakan kegiatan peningkatan mutu akademik, yang dilaksanakan di luar jam kerja madrasah. Peningkatan mutu akademik siswa secara informal dan bersifat individual atau kelompok kecil sangat diperlukan bagi siswa, mengingat keberhasilan siswa tidak hanya dapat dituntaskan dengan belajar formal, namun membutuhkan bimbingan, motivasi dan perhatian yang optimal dalam menciptakan komunikasi belajar yang kondusif antara guru dan siswa. Guru perlu memberikan kesempatan lebih besar agar terjadi konsultasi akademis oleh siswa secara individual maupun kelompok dalam rangka pencapaian prestasi yang terbaik. Peningkatan mutu akademik diberikan dengan tetap memperhatikan proses kemandirian siswa dalam belajar.
2. Program Klinik dan Responsi
Program klinik dan responsi adalah rancangan pengajaran tambahan oleh guru kepada satu atau lebih peserta didik yang kurang cepat dalam menerima materi pelajaran atau sebaliknya untuk peserta didik yang membutuhkan pengayaan. Bentuk program klinik dan responsi meliputi:
- Diskusi antara peserta didik dengan pendidik tentang materi pokok yang belum dikuasai
- Latihan soal yang berkaitan dengan materi pokok yang belum dikuasai (soal yang dibahas di kelas atau siswa membawa soal sendiri)
- Dilaksanakan dalam situasi informal
- Dilaksanakan pada jam belajar mandiri (16.00 – 17.30)
- Pendidik menjemput bola, meninta anak-anak untuk mengikuti program klinik dan responsi atau dengan kesadaran sendri peserta didik mengikuti program klinik dan responsi.
3. Pembinaan Klub Bidang Studi
Pembinaan klub bidang studi adalah kegiatan yang diperuntukkan bagi siswa yang memiliki kecerdasan istimewa serta minat yang tinggi untuk mengikuti lomba-lomba di bidang akademik khususnya dalam bidang studi yang dilombakan dalam Kompetisi Sains Nasional (KSN) dan Kompetisi Sains Madrasah (KSM). Dimulai dengan tes seleksi yang akan dilaksanakan setiap tahun ajaran baru, dengan diikuti oleh seluruh kelas X dan kelas XI, siswa yang lulus dan memenuhi kriteria akan dibina dengan secara serius dan terprogram. Pembinaan dilaksanakan rutin setiap pekan dengan dibimbing guru mata pelajaran masing-masing. Selain itu pembinaan juga dilaksanakan dengan bekerjasama dengan lembaga dan atau para tentor ahli dalam bidang KSN-KSM.
4. Program Intensif Persiapan Masuk PTN
Program intensif persiapan masuk PTN adalah program penunjang kurikulum di MAN Insan Cendekia Pekalongan yang diberikan kepada siswa kelas XII. Sebagai madrasah tipologi akademik MAN Insan Cendekia Pekalongan harus mempersiapkan peserta didiknya untuk dapat melanjutkan pendidikan ke perguruan tinggi yang berkualitas, baik di dalam maupun di luar negeri. Program intensif ini merupakan bentuk layanan khusus madrasah untuk mempersiapkan peserta didik memasuki perguruan tinggi yang berkualitas, yang dilaksanakan secara rutin dan terencana sesuai kebutuhan peserta didik sehingga mendapatkan hasil yang optimal. Kegiatannya berupa bimbingan pendalam materi untuk persiapan SNBT. Program intensif persiapan masuk PTN dilaksanakan sebagai berikut:
- Tahap I psikotes atau tes bakat dan minat, untuk mengetahui bakat dan minat peserta didik serta mengetahui karakter peserta didik, sehingga peserta didik tidak salah memilih jurusan Ketika masuk perguruan tinggi.
- Tahap II. Melaksanakan bimbingan belajar untuk persiapan menghadapi ujian SNBT sejak awal masuk kelas XII
- Tahap III melaksanakan bebarapa kali try out sebagai bahan evaluasi dalam bimbingan belajar secara rutin.
- Tahap IV mempersiapkan siswa mengikuti seleksi masuk PTN favorit di dalam dan luar negeri.