Kepemimpinan Dari Masa Ke Masa

1. Tahun 2015 Plt. Kepala MAN Insan Cendekia Pekalongan : Drs. Harmadi, M.Pd.
2. Tahun 2016 Plt. Kepala MAN Insan Cendekia Pekalongan : Drs. Ahmad Najid, M.Pd.I.
3. Tahun 2017 – 2020 Kepala MAN Insan Cendekia Pekalongan : H. Mashuri, S.Ag, M.Th.I. (Alm)
4. Desember 2020 – April 2021 Plt. Kepala MAN Insan Cendekia Pekalongan : Panca Imam Gutama, S.Pd.
5. 22 April 2021 – sekarang Kepala MAN Insan Cendekia Pekalongan : Khoirul Anam, M.Pd.I.